第二，学校数量严重不足，且分布不均，地区差异大。
全国现有地级市（州、盟）326个，尚有74个地级市（州、盟）未建立特殊教育学校，占地级市总数的23%。其中中西部65个，占未建特殊教育学校地级市总数的88%。全国现有县（市、旗）1934个（不含市辖区），人口在30万以上的县（市、旗）1246个，尚有493个县（市、旗）未建立特殊教育学校，占县总数的39.56％。其中中西部405个，占30万人口以上未建特殊教育学校县总数的82%。由于特殊教育学校数量不足且覆盖范围有限，残疾学生进入特殊教育学校学习的需求矛盾较为突出。
第三，经费投入不足，办学条件亟待改善。
残疾人教育具有特殊性，如专用设备的购置、个别化教育教学的推进等，决定了特殊教育需要比普教投入更多的经费。由于经费的不足，造成特殊教育的办学条件普遍较差，有的甚至很差。许多学校，校舍破旧，设备奇缺，专用教学和康复设备更是匮乏。一些近年新建的特殊教育学校在校舍建成以后，也没有能够及时地配备专用设备和学具、教具，严重影响学校的办学质量。对残疾学生的资助、保障体系还不够健全，不少残疾学生面临学习、生活等诸多方面的困难。
第四，特教师资短缺，特教专业队伍尚不稳定。